2026年のZotero vs Mendeley vs EndNote: どれを選ぶべきか

2026年に多くの学生と研究者にとって最適なのはZoteroです。無料でオープンソースであり、Word、LibreOffice、Google Docsと連携します。大学でElsevierのツールをすでに使っているなら、Mendeleyは簡単な選択肢です。EndNoteは、所属機関がライセンスしている場合、または研究室にEndNoteライブラリがすでにある場合に理にかなっています。このZotero vs Mendeley vs EndNoteの比較では、それぞれが向いている人、文献の移行方法、そしていずれも対応しない作業を整理します。

急ぎで結論だけ知りたい場合は、下の表を確認して、あなたの状況に合うセクションへ移動してください。

どの文献管理ソフトを選ぶべき？

他に制約がなければZoteroを、所属部署がすでにMendeleyを使っているならMendeleyを、所属機関が費用を負担しているならEndNoteを選びましょう。文献管理ソフトは3つの役割を果たします。調べながら情報源を保存すること、検索できるライブラリを維持すること、そして文章内の引用と参考文献リストを文書内に作ることです。3つのツールはいずれもこれらの役割を担います。違いは、費用、共有のしやすさ、そして長い学位論文でのWordプラグインの使い勝手です。

後から切り替えることも可能です。とはいえ、学位論文の途中でツールを変更するのは手間なので、第1章を書く前に1つに決めてください。

各ツールが何か

Zoteroは、非営利団体が開発した無料のオープンソースツールです。ダウンロードページには、macOS、Windows、Linux、iOS、Android向けのZotero 10が掲載されています。ブラウザから情報源を保存し、タグと保存済み検索でコレクションを整理し、Word、LibreOffice、Google Docsで引用を作成します。

MendeleyはElsevierが所有しており、2013年に買収されました。Webライブラリと、Mendeley Reference Managerというデスクトップアプリ、さらにMendeley CiteというWordアドインがあります。Mendeleyのサイトには、無料アカウントには2 GBの保存容量が含まれると書かれています。

EndNoteはClarivateが作っており、有料のソフトウェアです。Clarivateが現在推している製品はEndNote 2025です。また、EndNote Webも販売しています。ベンダーのページでは、どのブラウザからでも研究を管理し同期する方法だと説明されています。

Zotero vs Mendeley vs EndNote 一目で比較

運用コストが最も安いのはZotero、大学のメールアドレスで始めやすいのはMendeley、そして機関が提供してくれることが多いのはEndNoteです。下の表は、ベンダー自身のページに書かれている内容をまとめたものです。

ZoteroにはGoogle Docs用のプラグインと、Chrome、Firefox、Edge、Safari向けのブラウザーコネクターがあります。さらに、Mendeleyにはブラウザーから参照を保存するためのWeb Importerがあります。

2026年のZotero

Zoteroは、自分でツールにお金を払っている多くの人に適しています。ソフトウェア自体は無料で、機能の制限はなく、あらゆる一般的なOSで利用できます。関わるお金は、任意のストレージだけです。

無料アカウントでは同期ファイルが300 MBです。料金プランは、2026年10月20日にZoteroのストレージページに記載されているUSドル建ての価格で、下表のとおりです。

参照そのものは、そのストレージを使わずに同期されます。上限にカウントされるのは、PDFなどの添付ファイルだけです。多くの学生は、PDFを自分のPC内のフォルダーやクラウドドライブに保管しており、ストレージを購入することはありません。

Word、LibreOffice、Google Docsでの引用

ZoteroにはMicrosoft Word、LibreOffice、Google Docs用のプラグインがあります。Zoteroのサポートページでは、Zoteroを最初に起動した際に、対応する各ワープロソフト向けに自動でインストールされると説明されています。Google Docsプラグインには、Zoteroサイト上で独自のセットアップガイドがあります。

Zoteroは9,000種類以上の引用スタイルに対応しています。APA、MLA、Chicago、Harvard、IEEE、Vancouverに加え、学術誌ごとの多数のスタイルも含まれます。あなたのジャーナルに独自のハウススタイルがあるとしても、その可能性は高く、すでにリストに入っているでしょう。

PDFの閲覧と注釈

Zoteroには、ハイライト、下線、メモができる内蔵のPDFリーダーがあります。注釈は、ドラッグするか「メモに追加」ボタンでメモに取り込め、各注釈にはPDFページへのリンクが保持されます。Zoteroの外部のリーダーでPDFを開いた場合でも、Zoteroのリーダーで作成した注釈は、注釈を埋め込んだPDFとして書き出さない限り、Zoteroのデータベース内に残ります。

グループと共有

Zoteroのグループには3種類があります。プライベートグループはメンバーだけに表示されます。メンバー制限のあるパブリックグループは招待、または承認済みの申請が必要です。メンバー制限のないパブリックグループでは誰でも参加でき、これらはファイルの保存ができません。

Zoteroのグループページでは、あなたのグループに参加できるメンバー数に上限がないとされています。グループファイルはグループオーナーのストレージアカウントを使用するため、1人のプランでラボのファイルをカバーできます。グループにドラッグして入れたアイテムはコピーとして扱われるため、アイテムを元に戻して再度ドラッグしない限り、自分のライブラリには変更が反映されません。

2026年のMendeley

大学や研究室がすでにElsevier製品を使っている場合、または2 GBのストレージ付きの無料アカウントとシンプルなWebライブラリが欲しい場合は、Mendeleyが向いています。Mendeleyのサイトには、フォルダー単位または個別のPDFインポート、さらにブラウザーでの取り込み用のWeb Importerが掲載されています。また、選択したデスクトップフォルダーにドロップした任意のPDFを取り込むWatched Folders、共同研究者が参照を追加してPDFに注釈を付けられるShared Groupsも掲載されています。

Mendeley Desktop、リファレンスマネージャー、Cite

Mendeley はソフトウェアに 3 つの名称を使っており、人を混乱させます。Mendeley Desktop は古いアプリです。Wikipedia によると、Elsevier は 2022 年 9 月に Mendeley Desktop の配布を停止し、より新しい Mendeley Reference Manager に移行しました。2024 年には、Desktop へのサインインを停止する計画でした。2025 年 7 月に顧客の声を受けてその計画を撤回し、Desktop を維持し、必要なサポートを提供し続けると言いました。

Mendeley Cite は 2019 年 5 月に Reference Manager と一緒に提供された Word アドインです。単体で動作するため、ドキュメントに引用するのに Reference Manager を開いておく必要はありません。さらに、Web 上の Word にも対応しています。新しいプロジェクトでは Mendeley Cite と組み合わせて Mendeley Reference Manager を使いましょう。Desktop だけを使うのは、既存のライブラリがあり、留まり続ける理由がある場合に限られます。

Mendeley と Google ドキュメント

ZoteroにはGoogleドキュメント用のプラグインがあるため、Google Docsで執筆するならZoteroのほうが選びやすい。

EndNote in 2026

EndNoteは、大学が提供している場合に適しています。そうすれば費用がかからず、指導教員や同僚もおそらくそれを使っています。Clarivateのサイトで現在の製品はEndNote 2025で、Word向けのCite While You Writeプラグインがあると記載されています。Clarivateはさらに、ブラウザでライブラリを同期するEndNote Webも販売しています。

価格, 学生およびグループ

EndNoteは有料ソフトウェアで、金額は初回ライセンスの購入かアップグレードか、または学生ライセンスの対象となるかによって異なります。提供元のページでは、学生ライセンスのオプションへのリンクが示されています。グループの場合、小規模なラボであっても機関全体であっても、Clarivateは特別価格について営業チームに連絡するよう案内しています。Clarivateはこれらの数値を頻繁に変更し、購入ページにセール価格を表示するため、ここでは正確な金額は省略します。決定する前に、そこで表示されている現在の価格を確認してください。

ライブラリがEndNoteを提供している場合は、インストール前に利用できるバージョンと、提供される共有の設定内容を確認してください。サイトライセンスは個人向けライセンスとは異なり、共有できる人数に上限がある場合もあります。

ストレージ

EndNoteのページではストレージが無制限であることをうたっており、その無制限ストレージが失効しないようにアップグレードするよう求めています。あなたのライブラリに、これはあなたのライセンスにも当てはまるのか確認してください。

引用スタイルのサポート

3つのツールはいずれも主要なスタイルに対応しており、本当の違いは、どれだけマイナーなスタイルを入手できるかです。Zoteroは、9,000以上のスタイルに対応していると述べています。EndNoteのページでは、件数を示すことなく、継続的に更新されるスタイル定義について説明しています。ベンダーのページからは、Mendeleyのスタイル数が確認できません。

始める前にスタイルを選んでください。後からの切り替えは、ライブラリデータがきれいである場合に限り簡単です。年の欠落、アイテムタイプの誤り、著者名を間違った順序で入力してしまうことが、スタイルが正しく見えない主な理由です。学術論文執筆のためのAPA 7引用ガイド、学術執筆のためのMLA第9版引用ガイド、学術執筆のためのシカゴ17版引用ガイド、学術執筆のためのハーバード参照（Harvard Referencing）ガイド、工学・CS論文向けIEEE引用ガイド、医学研究論文のためのバンクーバー引用ガイド のガイドでは出力がどのようになるべきかを示しているので、まずい入力を素早く見つけられます。スタイルを決められない場合は、APA、MLA、シカゴ、IEEE で、どの項目がどのように使われるかを説明します。

ツール間の取り込みと書き出し

3つすべてが標準ファイルを通じて参照を移動できるため、決して閉じ込められません。ZoteroはRIS、BibTeX、BibLaTeX、CSL JSON、MODS、EndNote XML、Citavi XML、PubMed XML、Web of Science Taggedなど、さまざまな形式を取り込みます。Zoteroの取り込みページでは、EndNoteから書き出すための最良の形式としてEndNote XMLが挙げられています。

EndNoteからZoteroへ移行する典型的な流れは次のとおりです。

1. EndNoteライブラリをEndNote XMLとして書き出してください。
2. Zoteroで「ファイル」、次に「インポート」、そして「ファイル」を選びます。
3. サンプルで項目タイプと著者を確認してください。変換したライブラリには、手直しが必要なことがよくあります。

Mendeleyユーザー向けに、Zoteroには「Zoteroへ移動（Moving to Zotero）」専用ページがあります。Zoteroから別のツールへ移すには、RISまたはBibTeXをそのファイルとしてエクスポートし、それをインポートします。

移行後の結果を確認する

インポートしたライブラリには、重複、項目の欠落、英字の大小が不適切な箇所が出ることがよくあります。引用を始める前に、10件から20件のエントリを開き、出どころと突き合わせてください。あるスタイルで作成された参照リストを別のスタイルに変換したい場合は、当社の参考文献フォーマット変換ツールが役立ちます。別のツールを開かずに、きれいなBibTeXエントリが必要なときは、BibTeX Generatorが便利です。

状況で選ぶ

どんな機能リストよりも、あなたの状況が決め手になります。よくあるケースは次のとおりです。

予算に限りのある学生

Zoteroです。料金はかからず、WordとGoogle Docsのプラグインがレポートや論文でうまく機能し、300 MBはPDFが少ない参照ライブラリなら十分です。大学がEndNoteを無料で提供している場合でも、卒業後やライセンス終了後もライブラリを保っておきたいなら、Zoteroを選べます。

研究室グループ

ZoteroかEndNoteです。Zoteroのグループにはメンバー数の上限がなく、グループオーナーの保存プランでファイルがカバーされるため、研究室は最大でも1つのプラン代で済みます。EndNoteは、所属機関がチームライセンスを購入している研究室に向いています。Mendeleyの共有グループでも対応でき、無料の2 GBは小規模なプロジェクトにちょうどよい規模です。

研究室全体で1つのツールに統一する。同じライブラリを全員が参照して引用する場合に限り、共有ライブラリは機能します。ツールを混在させると、複製されたエントリが次第にズレていきます。

システマティックレビュー

チームがすでに知っているツールを使い、先に3点を決めてください。データベースのエクスポートをどう取り込むか、重複の削除方法、共有ライブラリを編集できる人です。Zoteroは、RIS、MEDLINE/nbib、Web of Scienceのタグ付きファイルなど、データベースがエクスポートしたファイルを取り込みます。スクリーニングと抽出の手順については、システマティックレビューのためのAIツールと、PRISMAに準拠したレビューのガイドが、AIができることとできないことを扱っています。

LaTeXまたはBibTeXの利用者

Zoteroです。BibTeXとBibLaTeXを取り込めるため、既存の.bibファイルをライブラリに取り込めます。Overleafで執筆している場合は、OverleafでLaTeX論文を校正するのガイドで、引用コマンドを壊さずに本文を編集する方法を説明しています。

EndNoteをライセンスしている機関

EndNoteです。ライブラリの費用を機関が負担し、研修を実施してくれるなら、サポートが受けられますし、同僚はライブラリのファイルを問題なく閲覧できます。アクセスは所属の有無に連動して終了し得るため、バックアップとして定期的に一度、ライブラリをファイルとしてエクスポートしてください。

どの文献管理ツールにもないもの

3つのいずれも、文書が正しいかどうかを確認しません。文献管理ツールは、ライブラリにある内容を挿入するだけです。エントリが実在するか、本文中に引用が表示されているか、参照リストに不要な追加エントリがないかといった判断はしません。

Zotero、Mendeley、EndNoteを使い終えた後に残るギャップはこれです。

不一致の引用

ジャーナルは、参照情報（参考文献）が欠けていたり、引用が不足していたりすると、投稿論文を受け付けません。プラグインで引用すれば不一致はまれですが、別の文書からテキストを貼り付けたり、プラグインのフィールドコードを壊したりすると、それでも起こります。投稿前に手作業で確認してください。参考文献リストを見ながら、各著者と年について本文中のテキストを検索していきます。無料の 本文内引用 修正ツール は、別の問題（誤ったスタイルで入力された引用）を解決し、APA 7、MLA 9、Chicago（著者名・年）、Harvard に変換します。

AIツールが作る「存在しない」参考文献

AIのチャットツールは、正しく見えて実在しない参考文献を作り出すことがあります。入力したら参照管理ツールは喜んで保存します。投稿前にリストを AI引用チェッカー で確認し、幻覚（ハルシネーション）された引用の監査 の手順に従ってください。

ProofreaderPro.ai の位置づけ

ProofreaderPro.ai は参照管理ツールの代わりではなく、その目的でもありません。Zotero、Mendeley、EndNote はライブラリ用としてあなたがそのまま使います。私たちはその周辺の文章を扱います。校正では文法と学術的な文体を直し、引用ツール により、選んだスタイルで単一の情報源として整形します。AI humanizer は、AI支援で書き換える際に引用を保持します。学術的な引用を保持する humanizer と パラフレーズ（言い換え）ツールが引用を損なう理由 に詳しい説明があります。

3つの管理ツールのいずれでも機能する、シンプルなワークフロー：

1. 読むときに、管理ツールへ情報源を集める。
2. プラグインで書き、引用する。
3. ProofreaderPro.ai で下書きを校正する。
4. 引用と参考文献リストを相互に照合する。
5. チャットボットから出てきたものは何でも、AI引用チェッカーを実行する。

全文の学位論文を書いている場合は、学位論文作成のためのAIツール が各ステップの組み込み方を示します。

Word で Mendeley Cite が動かない

Word で Mendeley Cite が空のパネルを表示する最もよくある原因は、JavaScript の実行を止めてしまうセキュリティ設定です。Elsevier のサポート記事では、Windows では Internet セキュリティゾーンを Medium-High 以下に設定すること、また変更できない場合はシステム管理者に相談するよう書かれています。Mac では、Safari で JavaScript が有効になっている必要があります。

別の問題には別の原因があります。Elsevier のサポートは、以前は動いていた文書でも、大きい画像や階層化された画像によって参照の読み込みが止まることがあるとも述べています。その場合は、Word で階層化された画像をグループ解除し、圧縮してください。Office アカウントが大学のものであれば、管理者がアドインをブロックしている可能性があり、その場合は IT チームに Mendeley Cite を許可してもらう必要があります。

Mendeley と Claude

Mendeley のライブラリで Claude を使うには、必要な参考文献を RIS または BibTeX で書き出し、チャットにアップロードまたは貼り付けます。そうすれば Claude は、これらの情報源を要約したり、グループ化したり、比較したりするのを手伝えます。さらに、Claude を Mendeley ライブラリに接続するコミュニティツールを公開している独立開発者もいます。これらは Mendeley や Elsevier が作ったものではないため、アカウント接続前に、どのアクセスを求められるか確認してください。

どの方法で作業していても、情報源の記録として参照管理ツールを保ってください。そうすれば、チャットボットが返す各参考文献について、あなたのライブラリと突き合わせて確認できます。AI ツールは、著者、年、タイトルを変えることがあるからです。

よくある質問

Zotero、Mendeley、EndNoteのどれが優れていますか？

Zoteroは、多くの人にとって最適です。無料でオープンソースであり、Word、LibreOffice、Google Docsに対応しているためです。Mendeleyは、すでにElsevierのツールを使っている人に適しています。EndNoteは、所属機関がライセンスを提供している人向けです。最適なツールは、共同執筆者が使っているものです。

Zoteroは無料で使えますか？

はい。Zoteroは、非営利団体が開発した無料ツールだと説明しており、無料アカウントには300 MBのストレージが含まれています。有料のストレージプランは2 GBで年US$20からで、Zoteroのストレージページによると、2026年10月20日時点の情報です。

Mendeleyは今もサポートされていますか？

はい。Elsevierは2022年9月にMendeley Desktopの配布を停止し、ユーザーをMendeley Reference Managerへ移行しました。2025年7月に、Desktopを維持し、必要なサポートを継続すると述べたとのことです。出典はWikipediaです。Mendeley Citeは現在のWord用アドインです。

なぜMendeley CiteがWordで動きませんか？

空のペインは通常、上で説明したようにJavaScriptをブロックするセキュリティ設定が原因です。Elsevierは、WindowsのインターネットセキュリティゾーンをMedium-High以下に設定し、MacのSafariでJavaScriptを有効にするよう案内しています。もしWordのアカウントが大学に管理されている場合は、ITチームにアドインの許可を依頼してください。

EndNoteのライブラリをZoteroに移行できますか？

はい。EndNoteのライブラリをEndNote XMLとして書き出し、そのファイルをZoteroでFile、Import、A fileから取り込みます。Zoteroのインポートページでは、EndNoteから書き出す際の最良の形式としてEndNote XMLが挙げられています。その後、項目タイプや著者名について、登録例をサンプルで確認してください。

ZoteroはGoogle Docsで使えますか？

はい。Zoteroの対応状況のページには、対応済みとしてMicrosoft Word、LibreOffice、Google Docsが掲載されており、Google Docs用プラグインにはZoteroサイト上に独自のガイドがあります。

文献管理ツールは、引用が参考文献リストと一致しているか確認しますか？

いいえ。文献管理ツールは、あなたのライブラリからエントリを挿入して書式を整えるだけです。不一致を見つけるには、参考文献リスト内で各著者名と年を検索してください。無料の 文中引用修正ツール は、間違った文体で入力された引用をその場で修正します。

文献管理ツールは、AIツールがでっち上げた引用文献を見つけられますか？

いいえ。管理ツールは、あなたが取り込むか入力した内容を、実在するかどうかにかかわらず保存します。提出前に AI引用チェッカー を使い、幻覚的引用オーディット のチェックに従ってください。

MendeleyはClaudeで使えますか？

はい。書き出したライブラリを使えば可能です。参照をRISまたはBibTeXとして書き出し、そのファイルをClaudeに渡してください。さらに、いくつかの独立したコミュニティツールで、ClaudeをMendeleyのライブラリに接続できる場合があります。Claudeが書き出した各参照が、あなたのライブラリにあるかどうか必ず確認してください。

AI 校正ツール

提出前に、文章の文法、明瞭さ、学術的な文体を校正し、次に引用文献を確認してください。